Tractament d'aigües residuals és un dels processos biotecnològics més esteses a les societats occidentals, per fer front a les enormes quantitats de residus d'animals que produeixen aquestes societats. Mètodes de tractament d'aigües residuals de varien àmpliament, però totes tenen una base biològica per descompondre la matèria orgànica en les aigües residuals i convertir-lo en alguna cosa que pot ser amb seguretat abocades en el medi ambient (normalment de rius o mars).