Druh DNA značky, generované trávení genomové DNA s dvěma enzymy omezení k vytvoření mnoha fragmentů DNA, podvaz specifické sekvence DNA (zvané adaptéry) do končin těchto fragmentů, zesílení fragmentů pomocí PCR (pomocí sady nátěry s odpovídající adaptéry, plus různé náhodné kombinace tří další základny na konci sekvence)a vizualizaci prostřednictvím gelovou elektroforézu fragmentů. The PCR se zesílit jakýkoliv fragment, jejichž pořadí se stane s některou z tří base sekvencí v sadě primery. AFLPs mají důležitou výhodu, že mnoho značky mohou být generovány s relativně malým úsilím. Jsou velmi užitečným prostředkem pro kvantifikaci míry genetické rozmanitosti v rámci a mezi obyvatelstvo. Jejich Hlavní nevýhodou je, že nejsou specifické pro konkrétní Lokus a, protože jsou zaznamenány jako přítomnost nebo nepřítomnost kapely, heterozygotes nemůže být odlišeny od homozygotes, tedy, jsou zděděné dominantním způsobem.