Procedurer for bestemmelse af nucleotidsekvensen af en DNA-fragmenter. Der er to almindelige metoder til at gøre dette:

• Maxam og Gilbert teknikken (kemiske nedbrydning), der bruger forskellige kemikalier for at bryde DNA i fragmenter specifikke baser; eller

• Sanger teknik (kaldet di-deoxy eller afslutning af kæden metode) bruger DNA polymerase for at gøre nye DNA-kæder, med di-deoxy nukleotider (kæde terminatorer) at stoppe kæden tilfældigt som det vokser.

I begge tilfælde adskilles DNA fragmenter efter længden af polyacrylamide gelelektroforese, muliggør sekvensen læses direkte fra gel.