הטיפול בשפכים הוא אחד התהליכים הביו-טכנולוגיה הנפוצה ביותר בחברות מערביות, להתמודד עם כמויות ענק של פסולת האדם ושל בעלי החיים המייצרים לרעהו. שיטות טיפול ביוב קיימים הבדלים, אבל יש בסיס ביולוגי כדי לשבור את החומר האורגני בשפכים ולהמיר אותו למשהו כי יכול להיות משוחררים בבטחה אל הסביבה (בדרך כלל נהרות או seas).